Formações naturais que abrigam grandes colônias de morcegos, podendo reunir dezenas ou centenas de milhares de indivíduos. A identificação ocorreu durante inventários realizados pelo Plano de Ação Nacional para Conservação do Patrimônio Espeleológico Brasileiro (PAN Cavernas do Brasil), coordenado pelo Centro Nacional de Pesquisa e Conservação de Cavernas (ICMBio/Cecav), em parceria com a organização Bat Conservation International.
No estado, as cavernas Boa Esperança e Casa de Pedra foram classificadas dentro dessa categoria. A Casa de Pedra concentra uma das maiores colônias já registradas no país, com mais de 157 mil morcegos das espécies Pteronotus rubiginosus e Anoura geoffroyi, além de poucos indivíduos de Natalus macrourus, espécie ameaçada de extinção no Brasil. Já na caverna Boa Esperança, os pesquisadores registraram cerca de 10 mil indivíduos, incluindo as espécies Phyllostomus hastatus, Anoura geoffroyi e Pteronotus rubiginosus.
Além do Tocantins, uma terceira caverna foi confirmada no Cerrado, desta vez em Goiás. A Gruta do Jacaré abriga mais de 20 mil morcegos de pelo menos sete espécies e está localizada dentro da Área de Proteção Ambiental Nascentes do Rio Vermelho.
